Toneri adalah individu yang kuat, mampu mengontrol Tenseigan dan menggunakan kekuatannya untuk mengeluarkan Bulan dari orbit. Dia bias seimbang saat melawan Naruto, pahlawan terkenal di dunia setelah Perang Dunia Ninja Keempat.
Toneri memiliki pengetahuan medis yang cukup untuk transplantasi mata dan mengobati luka parah. Dia juga bisa mengendalikan golem yang cukup kuat untuk melawan Kurama. Toneri juga mampu memproyeksikan dirinya untuk menyampaikan pesan, dan dapat mewujudkan lingkup hijau melalui proyeksinya.
Sebagai Ōtsutsuki, Toneri memiliki chakra yang sangat kuat dan dapat menyerap chakra atau teknik lawan. Dia juga cukup terampil dalam taijutsu menahan serangan Naruto dan dia juga bisa bergerak cepat untuk menghindari serangan musuh.
Toneri dapat membuat bola hijau digunakan untuk berbagai keperluan, seperti mengontrol manusia dengan memasukkannya ke tubuh mereka, membaca pikiran mereka, menyerap chakra dari jarak jauh, memeriksa apakah seseorang memiliki chakra Ōtsutsuki aktif, dan meledakkan bola jika diperlukan.
Toneri adalah pengguna yang terampil bahkan ketika buta, mampu mengendalikan ribuan boneka yang ditinggalkan oleh nenek moyangnya yang dapat menembakkan ledakan energi dan bekerja secara mandiri dalam berbagai tugas. Menariknya, bukan benang chakra, dia mengontrol bonekanya menggunakan kekuatan Pembuluh Energi.
Saat Toneri menghadapi Hiashi Hyūga dan meminta dia untuk yang terakhir kalinya untuk menetukan masa depan klan Hyūga. Kepala klan Hyūga itu menyerang Toneri tanpa memberikan jawaban, tapi Toneri menghilang lalu mengirim pasukan bonekanya untuk menyerang Hiashi.
Selain beberapa kekuatan yang disebutkan di atas, Toneri masih memiliki beberapa kemampuan khusus seperti :
Byakugan
Toneri telah memindahkan Byakugan milik Hanabi ke dalam matanya sendiri setelah menangkapnya. Dengan demikian, dia mendapatkan kemampuan untuk melihat chakra, hampir 360° penglihatan x-ray, dan kemampuan untuk melihat jarak yang sangat jauh serta sistem jalur chakra.
Tenseigan
Dengan mata ini, Toneri dapat mengontrol Gaya Tarik yang memungkinkan untuk mengangkat batu-batu bulan, menciptakan ledakan chakra yang sangat kuat yang dapat menghancurkan sebagian besar permukaan bulan.
Mode Chakra Tenseigan
Dia juga mengaktifkan Mode Chakra Tenseigan, yang dapat meningkatkan kekuatan, kecepatan, dan daya tahan. Dalam keadaan ini, dia dapat membuat pedang chakra raksasa yang cukup kuat yang dapat dengan mudahnya memotong bulan menjadi dua bagian, serta tornado raksasa yang dapat tertiup melalui kerak bulan.
Bola Mencari Kebenaran
Setelah mengaktifkan Mode Chakra Tenseigan, Toneri memperoleh sembilan Bola Kebenaran yang melayang disekitarnya ketika tidak aktif. Dia bisa menggunakannya baik untuk menyerang dan bertahan.
Bola Kebenaran dengan cepat dapat berputar mengelilingi Toneri untuk menciptakan pusaran yang besar. Dia juga membagi mereka menjadi beberapa bola kecil, yang dapat digunakan untuk melepaskan rentetan api dengan cepat.